A Lacandon dzsungel gazdag állatvilágot otthon ad:
Emlősök: Jaguar, puma, ocelot, margay, jaguarundi, kilenc sávú páncélos, fehérszájú peccary, nyakornyos peccary, mexikói pókmajom, ugró majom, kapucinmajorom.
Madarak: Skarlát ara, nagy karakara, tojásfejű tukán, smaragd tukán, piros torkú tangara, kék-arany tangara, vörös szemöldökös kabrig, északi dzsakana, csónakcsőrű gólya, nagy gólya.
Hüllők: Zöld iguana, tüskésfarokú iguana, amerikai krokodil, Morelet krokodil, vörös lábú teknős, barna baziliszk, mexikói gyöngyös gyík, skarlát királykígyó, fer-de-lance vipera.
Oberszek: Vörös szemű fa béka, Smilisca baudinii, mexikói zöld béka, bromélia fa béka, Maya patak béka, bika béka.