Az indiai repülő denevérek természeti ragadozói: ragadozómadarak, kígyók, és emlősök mint a leopárdok és civettek.
Az emberi fenyegetések – élőhelyelvesztés, vadászat, betegségek – egyaránt komolyak. A repülő deneverek a repüléssel, csoportos fészkeléssel, óvatossággal és hangos figyelmeztető hanglettel védekeznek.