A biológiai mikroszkópoknak két fő típusa van:az összetett mikroszkópok és a boncoló mikroszkópok. Az összetett mikroszkópok két lencsét, egy objektívlencsét és egy szemlencsét használnak a tárgy képének nagyítására. Az objektívlencse a mikroszkóp alján található, és a fényt a mintára fókuszálja. A szemlencse a mikroszkóp tetején található, és felnagyítja az objektív lencséje által készített képet. A boncoló mikroszkópoknak csak egy lencséje van, az objektív, és nagyobb minták megtekintésére szolgálnak, amelyek nem igényelnek nagy nagyítást.
A biológiai mikroszkópok különféle tartozékokkal, például fényforrásokkal, szűrőkkel és tárgyasztalokkal szerelhetők fel. Fényforrások biztosítják a minta megvilágítását. Szűrők használhatók a fény színének vagy intenzitásának megváltoztatására. A minta helyén tartására a lépcsőket használják.
A biológiai mikroszkópok nélkülözhetetlen eszközök a mikroszkopikus világ tanulmányozásához. Lehetővé teszik a kutatók számára a sejtek, szövetek és mikroorganizmusok részletes megfigyelését és elemzését.