Antibiotikumok
Mivel a kutyák cisztitiszének leggyakoribb oka a baktériális fertőzés, a leggyakrabban használt kezelés az antibiotikum. Két-három hetes antibiotikum kurát írnak fel. A penicilin és az amoxicillin gyakori antibiotikumok kutyáknál.
Étrend
A rossz étrend gyengítheti az immunrendszert, és okozhat pH egyensúlytalanságot a kutya húgyútjában. Ezek az állapotok lehetővé teszik a baktériumok és a hólyagkövek kiterjedését a kutya húgyrendszerében. Egy speciális étrend segíthet feloldani a hólyagköveket, megerősíteni az immunrendszert és fenntartani a pH szinteket. Cukor, konzerválóanyagok és rovarirtószerek mentes étrendek ideálisak. Az olyan diéták, mint a BARF (Biologilag Alkalmas Nyers Étel) diéta, ami a kutyának nyers hús, csont és zöldség keverékének adagolására alapoz, segíthet a cisztitisz kezelésében.
Sebészet
Ha a húgyrendszerben lévő polipok vagy daganatok okozzák a kutyák cisztitiszét, akkor a sebészet lehet kezelési opció. A nem rosszindulatú polipok sikeresen eltávolíthatók; a rosszindulatú daganatok azonban nehezebben eltávolíthatók. A polipok vagy daganatok bekövetkező cisztitisz esetekben az állatorvos kiterjedtebb vizsgálatokat végez a legjobb kezelés meghatározására.
Természetes módszerek
Vannak néhány gyógynövény, ami jól működik a kutyák cisztitiszének kezelésénél. A medvehígy (uva ursi) fertőtlenítő és antiszeptikus, hatékonyan öl meg baktériumokat, és elősegíti a szabályos vécézést. Az aranyvirág (golden rod), egy észak-amerikai gyógynövény, csökkenti a húgyúti gyulladást és szorításokat, és növeli a vizelet áramlását, hogy kimosja a baktériumokat a húgyútról. A Nux vomica és a cantharis más gyógynövények, amik hatékonyan küzdenek a hólyagban lévő baktériumokkal.
Újrakezdes
Ha a cisztitisz kezelés után újra jelentkezik, és krónikussá válik, hólyagkövek alakulhatnak ki a húgyúton. A hólyagköveket kezelni kell a cisztitisz hatékony kezeléséhez. Ezenkívül az állatorvos kiterjesztett antibiotikum kurát írhat fel, ha a cisztitisz hólyagkövek nélkül ismétlődik.