Az HMS Beagle nem a beagle kutyafajta után kapta a nevét. A hajó nevének eredete nem teljesen tisztázott, de több magyarázat is létezik:
- A név az elavult óangol „beagle” szóból származhat, ami kis hajót vagy hajócskát jelentett, már a 14. században használva könnyen felszerelt felderítő és ellátmányhajókra.
- Lehet, hogy a Beagle-csatorna inspirálta, egy keskeny vízutat Chile és Argentina között, amit brit kutatók neveztek el a 18. század végén.
- Néhány történész úgy véli, a név hatása a Beagle-öbölre volt, Ausztráliában, amit brit kutatók neveztek el 1838-ban, röviddel az HMS Beagle híres utazata előtt.