- A hajó neve a "Beagle" elavult régi angol szóból származhat, amely egy kis hajót vagy egy hajó csónakját jelent. Ezt a szót már a 14. században használták, hogy egy kicsi, enyhén fegyveres hajóra utaljanak, amelyet a felderítéshez és a készletek szállításához használtak.
- Egy másik lehetséges magyarázat az, hogy a nevet a Beagle Channel ihlette, egy keskeny vízi út Chile és Argentína között. A csatornát a brit felfedezők nevezték el a 18. század végén, és valószínű, hogy a HMS Beagle nevét választották erre a földrajzi tulajdonságra.
- Néhány történész azt is sugallja, hogy a HMS Beagle nevét az ausztráliai Beagle kikötő befolyásolhatja. A kikötő az északi területen található, és a British Explorers 1838 -ban nevezte ki, röviddel azelőtt, hogy a HMS Beagle elindult a híres útjára.