A sárgaszemű pingvinok több fenyegetéssel szembesülnek:
- Élőhely elvesztése: a partfejlesztés és erdőirtás rombolja a fészklés és étkezési területeket.
- Emberi zavarás: a hajózás, halászat és rekreáció stresszt okoz a fészeklő madaraknak.
- Ragadozás: beoltott hermelinek, patkányok, kutyák és macskák ragadozzák a fészeket és megölik a pingvineket.
- Betegségek: járványok gyorsan terjednek a kis, genetikailag egységes populációkban.
- Klíma változás: az emelkedő tengerszint, viharok és áramlások változtatják az ételt és fészhelyeket.
- Mellékfogás: a pingvinok elfuldoklanak a hálóhálókban.
- Verseny: beoltott fajok versenyeznek az ételért és fészhelyekért.
Az ő védelmükhez élőhely-megőrzés, ragadozó-ellenőrzés, betegség-kezelés és klímavédelem kell.