A fülöp-szigeti sas elsősorban repülő lemurokat (kolugókat), mókusokat, majmokat és más kis- és középmeretű erdőemlősöket prédál. Konkrét prédák: óriás repülő mókusok és fülöp-szigeti makákok. Lehet, hogy néha patkányokat, denevereket és más kisemlősöket is vadáznak. Csúcspredátorokként nincsenek természeti ragadozóik, és erőteljesen karomjaikkal hatékonyan fogják meg az áldozatukat.