A berillium mérgező lehet a környezetre. Tartós szennyezőanyag, ami a talajban, vízben és az organizmusokban halmozódik fel. Expozíció tüdőbetegséget, bőrproblémákat és rákot okozhat emberekben és állatokban.
A berillium ipari tevékenységek, bányászat és fosszilis tüzelőanyagok égése útján kerül a környezetbe, és nagy távolságokat is megtehet a levegőben és a vízben. Növényeket is károsíthat, a levelek megsemmisítésével és a növekedés gátlásával. A mérgezőség a kémiai formától és az expozíció útvonalától függ, a beinhalás a leggyakoribb.
A berillium komoly környezeti kockázat, és az expozíció csökkentése fontos ehhez a mérgező fémhez.